การแบ่งส่วนงานภายในองค์การฯ
     องค์การสวนพฤกษศาสตร์ได้จัดส่วนการบริหาร   โดยมีคณะกรรมการบริหารเป็นผู้วางนโยบายและ
ควบคุมดูแลโดยทั่วไป ซึ่งกิจการขององค์การฯ และเป็นผู้ให้คำแนะนำการบริหารงานภายในแก่ผู้อำนวยการ
     การแบ่งส่วนการบริหารและดำเนินงานภายในออกเป็น 4 สำนัก  และ 2 ส่วน มีคณะกรรมการวิสาหกิจ
สัมพันธ์เป็นคณะกรรมการซึ่งทำหน้าที่เสนอแนะให้คำปรึกษาหารือกับผู้อำนวยการ  และผู้ตรวจสอบภายใน
เป็นผู้ตรวจสอบกิจการรวมทั้งให้คำปรึกษาหารือแก่ผู้อำนวยการ
     การบริหารงานของสำนักให้มีรองผู้อำนวยการที่ผู้อำนวยการมอบหมายเป็นผู้กลั่นกรองงานหรืออนุมัติ
ในงานที่ผู้อำนวยการมอบอำนาจให้ทำการแทน

การบริหารและแบ่งส่วนงานของสำนัก
    โครงสร้างได้แบ่งการบริหารงานเป็น 4 สำนัก ประกอบด้วย
1. สำนักวิชาการ-วิจัย (สนว.)
2. สำนักพัฒนาและปลูกบำรุง(สพป.)
3. สำนักอำนวยการ (สนอ.)
4. สำนักพัฒนาธุรกิจ(สพธ.)

     โดยมีหัวหน้าสำนักเป็นผู้กำกับดูแลและควบคุมให้งานเป็นไปตามนโยบายขององค์การฯ นอกจากนี้ในแต่ละ
สำนักยังมีรองหัวหน้าสำนัก และ การแบ่งย่อยงานออกเป็นฝ่ายและงาน ตามภาระกิจที่จำเป็นต่อการปฏิบัติงาน
โดยมีรองหัวหน้าสำนัก หัวหน้าฝ่าย และหัวหน้างาน เป็นผู้ดูแลและควบคุมงาน