เป็นโรงเรือนขนาดกลาง กว้าง 12 เมตร ยาว 42 เมตร มีม่านพรางแสง ระบบระบายอากาศ เปิดด้านข้าง และด้านบนหลังคา  มีระบบน้ำเป็นระบบพ่นฝอยอัตโนมัติ ตั้งเวลาได้ ประกอบด้วย เรือนไม้น้ำ เรือนกล้วยไม้และเฟิน และเรือนพืชทนแล้ง

2.1 เรือนไม้น้ำ ภายในมีการจัดแสดงไม้น้ำและพืชชุ่มน้ำชนิดต่าง ๆ โดยเน้นพันธุ์บัวของไทย เป็นหลักและเสริมด้วยพรรณไม้น้ำ ไม้ชุ่มน้ำต่าง ๆ และพืชกินแมลง โดยได้รวบรวมชนิดพันธุ์บัว จากทุกภูมิภาคของ ประเทศไทย และประเทศเพื่อนบ้านไว้กว่า 60 ชนิด  ซึ่งเป็นพันธุ์บัวที่นับวันจะหาดูได้ยากขึ้น ไม่ว่าจะเป็น จงกลนี บัวพื้นเมืองดั้งเดิมของไทยที่มีบันทึกไว้ตั้งแต่สมัยสุโขทัย มีกลีบดอกสีชมพูอ่อนจำนวนมาก   กลิ่นหอมอ่อน ๆ   บานทั้งกลางวันและกลางคืน แม่พลอย บัวสายพันธุ์พื้นเมือง มีดอกแดงสดรูปร่างป้อมใหญ่ คล้ายพลอยแดง บัวกระด้ง หรือบัววิกตอเรีย มีถิ่นกำเนิดในทวีปอเมริกาใต้แถบลุ่มแม่น้ำอเมซอน มีลักษณะเด่น   คือ  มีใบใหญ่มาก ยกขอบขึ้น
คล้ายกระด้ง มีหนามทั่วทั้งต้น ดอกบานวันแรกช่วงใกล้ค่ำ สีขาว  มีกลิ่นหอมแรงมาก  วันที่สองจะบานตอนเย็นดอกเปลี่ยนเป็นสีชมพูจนแดง แล้วโรยในตอนเช้าของวันต่อมา บัวนางกวักที่มีกลีบรองดอกเป็นสีเขียวชัดเจน มีถิ่นกำเนิดในอินเดีย การผสมพันธุ์มีทั้งหมด 9 สี ที่สวนพฤกษศาสตร์ฯ ได้รวบรวมไว้แล้ว 4 สี คือ ขาว ชมพู ม่วง และแดง บัวฝรั่ง มีถิ่นกำเนิดในเขตมรสุมและเขตหนาว มี 5 สี  คือ ขาว ชมพู แดง เหลือง  และส้ม  นอกจากนี้ยังมีบัวประดับที่มีสีสันสวยงามในกลุ่มของบัวผัน  ซึ่งมีกลิ่นหอมเกือบทุกพันธุ์  อาทิ    เช่น  หยกสยาม  สีครีมเหลือบเขียว  เหลืองกาญจนา สีเหลืองอร่ามตา ฉลองขวัญ สีม่วงสดใส  และ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสวนพฤกษศาสตร์เพิ่งจะได้รับบัวหลวงจากสถาบันเพาะเลี้ยงบัว  มณฑลวูฮาน  ประเทศจีน  ซึ่งเป็นบัวหลวงชนิดที่มีดอกขนาดใหญ่ มีความสวยงามแตกต่างกันออกไปหลายสี จำนวน 25 พันธุ์  อาทิเช่น  Buddha’s Seat, Table Lotus,   Haven’s Lotus,   Snow Princess,   Smiling Face   เป็นต้น ซึ่งจะหาชมได้ ณ เรือนไม้น้ำแห่งนี้เท่านั้น